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工程预算审计方法还有很多各有各的优缺点 ，要提高审计效率，关键是要会选择。政府投资项目范围广泛 ，各项目的建设难度、标准也不一致。另外，政府工程经常受到人为因素和自然条件的影响，往往建设时间长，存在较多的设计变更和现场签证 ，有的项目在审计时已经发生变化 ，甚至无法进行现场取证。这些因素决定了工程预算审计具有多样性、复杂性和风险性。因此，选择审计方法时，既要考虑不同的审计阶段和审计内容，还要结合审计目标，注意审计方法之间的交叉使用和外部审计条件的许可，做到有的放矢、科学使用。
施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
武汉工程预算专家人士称，一项工程，如果工程监理从设计阶段就开始参与，一般可排除80%的错误，而施工开始后再参与，充其量只能节约投资20%.加强设计阶段的监理，从质量管理的意义上讲，事前管理，为主是科学合理的。因此，加强设计阶段的监理和投资控制是很关键的。设备、材料价款的控制设备费、武汉工程预算材料费在建筑安装工程中约占整个造价的70%左右，是工程直接费的主要组成部分。因此，在监理过程中，不可忽视这一部分，要引进竞争机制，开展设备、材料的招（投）标工作，保证产品的质量，以降低工程造价。施工阶段工程进度的控制实施合同管理，总的是质量、工期、费用三大控制。工程进度涉及到业主和承包人的重大利益，是合同能否顺利执行的关键。为此，武汉工程预算在工程进度监理中，一定要把计划进度与实际进度之间的差距作为进度控制的关键环节来抓。除满足工期要求外，还应满足合同规定的工程质量及费用要求。质量、工期、费用三大控制，缺一不可，不能偏废。必须抓紧、抓好，从而达到、经济的工程施工的目的。
通过相应的政策改变可以控制整体工程的造价，我国目前的设计费用是由工程总体造价来决定的，设计人员会从工程总体造价中抽取一定百分比的酬劳，这项政策是建筑行业一直以来的一个弊端，对控制工程预算十分不利，许多设计人员会因此通过不合理的材料采购或者故意进行高额的工程预算预算来提高工程预算，政府和相关的企业可以通过一系列的奖励和惩罚措施。另外，在审计的过程中，也要对设计人员的设计方案进行严格审查，发现不合理的地方要及时纠正，对于故意抬高工程预算的设计方案要坚决淘汰，这样才能体现出工程审计的作用，审计人员一定要尽职尽责，尽可能的保证工程质量的同时降低工程预算的成本。在具体的设计施工前双方会签订有效的施工合同，在之后的设计方案评选中，相关部门会对有关的图纸设计文件进行严格的审查。加大审查力度的同时，可以提高设计人员的自觉意识。
