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施工单位施工过程中对技术资料的未能完整归档或有意不建档，造成建设单位在工程竣工后无法建立完整的工程资料档案并按要求报送工程结算所需资料，从而使审计工作周期拉长、风险加大。这个问题也的确存在。不过，按照一般的情况，审计周期是按提供完整的资料开始计算的。除非你自己的要求没有到位，那也怨不得别人。什么叫风险加大？是你审计费用不够用了吧？既然做了审计这个行业，就要有这个思想准备，否则人家建设单位为什么出钱给你啊！建设单位缺乏工程技术专管人员和工程技术专业知识或工程技术人员职业道德水准不高，造成工程项目施工中不合规的变更签证增多，从而使得工程预算随意增大。
工程预算中的工程结算审核，以施工承包合同为基础．以承发包双方发生的实物交易为依据，按照 或地方施工工、料、机消耗标准进行核算，对双方有约束力。其工程结算审核结果可作为双方结算的法律依据。审计定义为：由独立的机构和人员检查被审计单位的会计凭证、会计帐本、会计报表以及其他与财政收支、财务收支有关资料和资产，监督财政收支、财务收支是否真实、合法和有效的行为。审计的目的是加强对公有制投资者资金进行有效的控制，减少投资者滥用职权截留资金，转移资金于小金库，造成建设资金流失，实施违法违规行为。其职能是一种监督行为。
工程预算承包人按专业条款的约定时间，提交当月(或节点)完成形象进度，监理工程师(或甲方代表)在规定的时间内核实已完工程量。对合同范围内的工程量和变更的工程量分别签证认可。（2）承包人根据工程量检验认可的证明，编制当月(节点)的工程量完成统计报表(按合同要求)及月度(节点)工程价款结算书，提供进度款申请并附上与进度款审批有关的支持材料。报基建部门，由委托的造价咨询单位确认。（3）对月度(节点)工程价款结算书进行审核，首先审核签证记录的真实性、合法性，然后核定确认工程量；审核工程所套定额或清单价是否与工程执行定额或清单子目相符，实物工程量与图纸不符、施工情况与施工合同不符、施工用料发生变化，必须获取必要的签证，对暂定价款、综合单价调整、变更进度款要根据合同中的规定，审核时据实调整。（4）对审核结果由造价咨询单位出具审核意见。（5）根据每月(节点)的实际付款填制工程款使用计划执行情况。
工程预算随着我国经济的迅速发展 加强了基本建设力度在取得巨大成就的同时也出现了一些值得重视的问题。如某些施工单位为了追求自身的利益，在基建工程上营私舞弊，频频出现高估冒算的现象。根据以往工作经验，进行工程决算审计常发现的问题有：多列工程项目、工程量不实、高套定额、乱取费用等问题。为了管理好并合理使用基建资金提高投资效益和维护建设方利益加强基建工程决算的审计工作非常重要。开展工程决算审计主要从以下几个方面入手。
