分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
工程预算编制过程中应用价值工程理论的特点如下：
（1）建筑产品的多样性特点决定了工程项目应用价值理论具有普遍性。
（2）建筑生产的单件性特点决定了工程项目应用价值工程理论具有一次性。
（3）建筑产品的投资巨大、价值高昂的特点，决定了工程项目应用价值工程理论具有节约的潜力大，应用效率高等特点。
（4）建筑产品的使用寿命长的特点，决定了在工程项目中应用价值工程理论应注重测算全寿命周期费用的特点。
（5）建筑产品具有的建设周期长和劳动密集的特点，决定了在工程项目中应用价值工程理论不仅要注意提高产品的质量和功能
工程预算建设单位是否在招标前将该项目的招标用图纸和工程量清单（或调整工程量清单）进行了认真的对比审核。工程量清单是根据招标用图纸，按照招标文件上的各细目计量方法汇总出来的。它既是招投标时各投标单位报价的共同基础，也是合同签定后施工过程中变更、计量的基础。目前工程量清单大多由设计院或工程咨询事物所编制，没有第二家单位复核，准确度较低，如果清单量与实际施工图数量出入太大，会使合同价（或中标价）过高或过低，即使在中标以后另行调整，也会给施工单位按合同文件提请变更单价埋下伏笔。
工程预算工作内容：
1.认真对照商务标清单，把全部清单工程量全部自己计算一遍，看看是否有误差
2.认真对照商务标清单，把清单综合单价和主材价与市场询价做好对比，然后分析
3.进行分包时，要做法严格控制分包单位的清单工程量及价格
4.积极到现场去观察，做好图纸会审的工作，提出有利我方的变更签证
5.相关工程进度款格式、月报格式、工程联系单格式、现场经济签证格式等要从监理及甲方要取。
6.工程联系单、现场经济签证单及索赔的编制切记要理由充分，论点鲜明，证据齐全，把原因全归结于甲方、监理、设计院及其它因素，加大事情严重性及我方损失性，工程量适当加大，签证单要附照片、cad图形及计算式。