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目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。 甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。以甲醇为碳源时的反硝化速率比以葡萄糖为碳源时快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）为 2.8～3.2 。 但甲醇作为外加碳源时，有以下3点问题需关注： 甲醇易燃，为甲类危化品，储存和使用均有严格要求。特别是其储存需报当地公安部门备案审批，手续繁琐。
乙酸钠的优点在于它能立即响应反硝化过程，可作为水厂应急处置时使用。 乙酸钠由于是小分子有机酸盐的原因，反硝化菌易于利用，脱氮效果是 的。通过实验发现，碳氮比在4.6时，可以达到稳定的脱氮效果，而且它的水解物为小分子有机物，能容易被微生物降解，反硝化响应时间快，而且无毒，能作为应急碳源。但是，它价格较贵，产泥率高，对污水厂的污泥处置会带来了一定的压力。 使用乙酸钠要考虑以下3点： 乙酸钠多为20％、25％、30％的液体，由于当量COD低，运输费用高，不能远距离运输。 产泥量大，污泥处理费用增加； 价格较为昂贵，污水处理厂大规模投加乙酸钠几乎不可能。 所以碳源相比较而言，是更好的选择。
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